在配额管理方面，《办法》要求，碳排放配额实行动态管理，每年确定一次;省政府碳排放权交易主管部门根据本省温室气体控制总体目标，结合经济增长等因素，设定年度碳排放配额总量;省政府碳排放权交易主管部门根据行业基准水平、减排潜力和重点排放单位历史碳排放水平等因素，经征求相关行业主管部门意见后，制定碳排放配额具体分配方案;设区的市人民政府碳排放权交易主管部门根据分配方案核定本行政区域重点排放单位的免费分配配额数量;碳排放配额初期采取免费分配方式，适时引入有偿分配机制，逐步提高有偿分配的比例。
在交易市场方面，《办法》明确，碳排放权交易应当在省人民政府确定的交易机构内进行，碳排放权交易应当采用公开竞价、协议转让或者符合国家和本省规定的其他方式进行。碳排放配额的交易价格由交易参与方根据市场供求关系确定，禁止通过操纵供求和发布虚假信息等方式扰乱碳排放权交易市场秩序。
在法律责任方面，《办法》指出，重点排放单位未足额清缴配额的，由设区的市人民政府碳排放权交易主管部门责令其履行清缴义务;拒不履行清缴义务的，在下一年度配额中扣除未足额清缴部分两倍配额，并处以清缴截止日前一年配额市场均价1倍～3倍的罚款，但罚款金额不超过3万元。
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